为了预备学校音乐会的演出，大雄埋头苦练他并不擅长的竖笛。这时，他的面前出现了一位奥秘的外星少女米佳，她格外中意大雄吹出来的跑调的笛声，于是米佳引领哆啦A梦和同伴们离开了以音乐为能量的外星球上的一座音乐殿堂。就在这时，一种可以令音乐从世界上消逝的奥秘生命体突然来临，地球堕入危机……！哆啦A梦和同伴们终究能否挽救音乐的未来和地球危机呢？